KA Djaja. Foto : Alm. M. V. A. Krishnamurti
Setelah DKA terbentuk pada 1 Januari 1950, hubungan Jakarta – Surabaya via Selatan/Yogyakarta masih belum dapat terlaksana. Penyebabnya adalah Jembatan Progo yang masih putus. Jembatan Progo disabotase oleh Pejuang RI untuk menghambat gerak laju Pasukan Belanda pada saat Agresi Militer Kedua. Salah satu abutment/pangkal jembatan dibom, sehingga rangka jembatan jatuh ke sungai. Perbaikan segera dimulai sejak DKA dibentuk. Perbaikan Jembatan Progo selesai pada 17 Juni 1951, dan hubungan ala Eendaagsche Express dapat dilanjutkan kembali.
Pada 1954, KA 2 berangkat dari Gambir pukul 06.00 dan tiba di SB Kota pukul 20.28, sementara KA 1 berangkat dari SB Kota pukul 05.40 dan tiba di Gambir pukul 19.59. Dibandingkan dengan Eendaagsche, waktu tempuh ini tentu adalah sebuah penurunan. Pada 1958, jadwal KA Ekspres Jakarta – Surabaya adalah sebagai berikut :
KA 1 Ekspres Sbi 06.30 – Gmr 19.59
KA 2 Ekspres Gmr 06.00 – Sbi 19.36
KA 3 Ekspres Sb 06.00 – Gmr 19.59
KA 4 Ekspres Gmr 06.00 – Sb 20.10
KA 2 dan KA 6 digabung dari Gambir, dan dipecah di Cirebon.
Pada 1961, sama seperti tahun 1958, diberangkatkan sebuah KA Kombinir dari Jakarta, yakni KA 2. KA ini di Cirebon dipecah menjadi 2, yakni KA 2 yang melanjutkan perjalanan menuju Pasar Turi dan KA 6 yang melanjutkan perjalanan menuju SB Kota. Dari Surabaya, dijalankan KA Kombinir yang dipecah di Kroya, yakni KA 3 SB-BD dan KA 5 KYA-GMR.
Pada 6 Juli 1961, KA-KA Ekspres Siang milik DKA diberi nama, yakni :
Ka 1 Sbi – Gmr : TARUMANEGARA
Ka 2 Gmr – Sbi : MANTJANEGARA
Ka 3 Sb – Bd : PARAHIJANGAN
Ka 4 Bd – Sb : MADJAPAHIT
Ka 5 Kja – Gmr : SUNDAKELAPA
Ka 6 Tjn – Sb : SINGHASARI
KA 6 berangkat dari GMR bersama KA 2 pukul 05.55, dipecah di Cirebon pukul 09.22-09.40, dan tiba di SB pukul 18.17. KA 5 berangkat dari SB bersama KA 3 pukul 05.34, dipecah di Kroya pukul 12.40, dan tiba di JAKK pukul 17.57.
Perjalanan KA ini sempat terganggu pada 1963 karena banjir di Kertosono pada 25 Januari 1963.
Pada 1965, pola operasi Ekspres Jakarta-Surabaya menjadi agak rumit. Awalnya, diluncurkan KA Ekspres Baru dengan nama Ekspres Gaja Baru (EGB). Nama Gaja Baru sendiri merujuk pada penggunaan kereta-kereta baru yang menggunakan rem udara tekan, berbeda dengan kereta pengadaan 1960an yang menggunakan rem vakum. EGB diluncurkan pada 5 Januari 1965 dengan rute Jakarta – Surabaya via Selatan. Rute ini kemudian ditambah dengan Jakarta – Surabaya via Utara, kemudian Bandung – Surabaya pada 15 Februari 1965. Pada GAPEKA 1965, susunan Ekspres Jakarta – Surabaya/Surabaya Bandung menjadi sebagai berikut :
KA 1 EGB Surabaya Pasarturi – Gambir
KA 1B Ekspres Siang Surabaya Pasarturi – Gambir
KA 2 EGB Gambir – Surabaya Pasarturi
KA 2B Ekspres Siang Gambir – Surabaya Pasarturi
KA 3 EGB Surabaya Kota – Bandung
KA 3B Ekspres Siang Surabaya Kota – Bandung
KA 4 EGB Bandung – Surabaya Kota
KA 4B Ekspres Siang Bandung – Surabaya Kota
KA 5 EGB Surabaya Kota – Gambir
KA 5 Ekspres Siang Surabaya Kota – Gambir
KA 6 EGB Surabaya Kota – Gambir
KA 6 Ekspres Siang Surabaya Kota – Gambir
Pola operasi pada 1965 sendiri masih seperti operasional tahun 1961, masih menggunakan operasi Kombinir. KA 2/6 EGB masih berangkat dari GMR pukul 05.55, namun tiba di SB pada 20.33, lebih lambat daripada tahun 1961. KA 3/5 EGB sendiri berangkat dari SB pukul 05.29 dan tiba di GMR pukul 20.13. Penurunan waktu tempuh ini tentu saja berkaitan dengan menurunnya kualitas lintas akibat perawatan yang minim, sesuai dengan kondisi ekonomi Indonesia yang berantakan akibat inflasi yang meroket serta operasi militer besar-besaran dan proyek-proyek mercusuar nirfaedah. PNKA sendiri babak belur pada masa ini. Banyak KA yang dibatalkan akibat kekurangan bahan bakar, sementara kondisi lintas hancur lebur dan sarana banyak yang rusak. Salah satu korbannya adalah KA 3-4B dan KA 5-6B.
Nasib KA Ekspres Siang dan KA EGB sendiri antara 1965 – 1968 belum diketahui meningat minimnya sumber. Namun kemungkinan besar, EGB dihapus dan hanya menyisakan Ekspres Siang saja. Pada tahun 1968, muncul KA Djaja. Djaja merupakan peningkatan kelas layanan, dimana Ekspres Siang kelas layannya dinaikkan menjadi “Limited Ekspres”. KA 1 – 2 Surabaya Pasarturi – Gambir diubah menjadi Djaja I dan Djaja II pada 14 Juni 1968. Menyusul kemudian pada 5 September 1968, KA 5 – 6 Gambir – Surabaya Kota diubah menjadi Djaja III dan Djaja IV. Berbeda dengan EGB yang menyertakan KA tujuan Bandung, nama Djaja hanya digunakan untuk nama KA Surabaya-Jakarta saja. Pada 1968 Djaja memiliki jadwal sebagai berikut :
Djaja 1 SBI ber. 05.38
Djaja 2 GMR ber. 06.10
Djaja 3 SB ber. 05.36
Djaja 4 GMR ber. 06.10 (kombinir dengan Djaja 2)
Sementara pada 1969, jadwal KA Djaja berubah menjadi :
Djaja 1 SBI ber. 05.00, GMR dat. 19.51
Djaja 2 GMR ber. 06.00, SBI dat. 21.26
Djaja 3 SB ber. 04.45, GMR dat. 20.53
Djaja 4 GMR ber. 06.00 (dikombinir dengan Djaja 2), SB dat. 22.08
Djaja 2-4 dari GMR biasanya dihela double traksi BB201 dan BB200, dimana di Cirebon BB200 melanjutkan perjalanan bersama Djaja 2 sementara BB201 bersama Djaja 4. Di Yogyakarta, BB201 dari Djaja 4 diganti dengan BB301, sementara lok Djaja 2 diganti di Semarang, dengan BB200 lain. Djaja 3 sendiri sepertinya sempat berjalan kombinir dengan Ekspres Siang Bandung, namun kemudian tidak lagi dikombinir dari Surabaya.
Pada 1971, Djaja 2 dan 4 berangkat dari GMR pukul 06.00, dan Djaja 4 tiba di SB pukul 22.00. Djaja 3 sendiri berangkat dari SB pukul 04.45 dan tiba di GMR pukul 20.37. Djaja termasuk KA Bendera/Unggulan PNKA/PJKA. Setelah 1971, Djaja dihapus. Namun belum diketahui tahun penghapusannya beserta alasan penghapusan KA ini. Setelah sekitar 50 tahun, barulah pada 2023 muncul KA baru yang mengisi rute Jakarta – Yogyakarta – Surabaya keberangkatan pagi hari, seiring dengan diluncurkannya Argo Semeru.