Pada 5 Maret 1968, akibat hantaman banjir, pilar jembatan Cisanggarung sisi Cirebon miring. Kemiringan pilar cukup parah, yang membuat jembatan tidak dapat dilalui KA. Perjalanan KA kemudian dialihkan ke lintas Prupuk-Tegal-Cirebon. Setelahnya, dilakukan perbaikan darurat agar KA dapat lewat dengan kecepatan 5 km/jam. Setelahnya, pilar sisi Cirebon yang rusak dibongkar, lalu bentang jembatan ditambah karena jembatan digeser ke arah Cirebon sepanjang 15 meter. Hal ini mempertimbangkan aliran sungai Cisanggarung yang cukup deras dan beruba-ubah. Sebelumnya, Jembatan Cisanggarung sempat dibumihanguskan pada 1942, lalu kemudian diperbaiki kembali pada 1944, sebelum akhirnya rusak akibat banjir pada 1968. Bentang baru Cisanggarung memiliki ukuran yang berbeda dengan bentang lama. Bentang lama memiliki ukuran 2×60 meter, sementara bentang baru memiliki ukuran 3×60 meter. Satu bentang baru merupakan bentang bekas Jembatan Kali Code di Yogyakarta. Bentang ini tadinya terpasang di Jembatan Kali Code buatan SS yang posisinya berada di utara Jembatan Kali Code saat ini. Rehab jembatan Cisanggarung memakan biaya Rp. 64.494.439,50 . Dari biaya tersebut, Rp. 18.869.439,53 digunakan untuk perbaikan darurat, sementara sisanya untuk perbaikan permanen. Perbaikan baru dimulai pada 1970, memakan waktu dua tahun dengan mengerahkan 200-250 orang pekerja dengan Pimpinan Proyek Ir. Gunawan.
Bentang baru Cisanggarung diresmikan oleh Kepala Jawatan Kereta Api (Kaperjanka), Ir. Soemali, dan Direktur Jenderal Perhubungan Darat, Soempono Bajuadji pada Sabtu, 13 Januari 1973. Selain itu, PJKA mengundang rombongan Mahasiswa dari STTN, UI, UNTAG Jakarta, ITB, UNDIP, UGM, dan ITS Surabaya. Rombongan Kaperjanka datang dari Jakarta menaiki sebuah KLB yang ditarik BB201. KLB yang dinaiki Kaperjanka ini menjadi KA pertama yang melintasi bentang baru Jembatan Cisanggarung. Prosesi penggeseran rangka dimulai pada pukul 08.00 dan selesai tiga setengah kemudian. Satu hal yang menarik pada penggeseran rangka Jembatan Cisanggarung ini adalah penggeseran sebuah jembatan rasuk sepanjang 15 meter ke tengah jembatan. Jembatan rasuk seberat 15 ton ini digeser dengan crane yang diletakkan di rangka jembatan. Crane ini dibuat oleh Balai Yasa Jembatan Kiaracondong.
Referensi :
Harian Abadi, Selasa, 16 Januari 1973 koleksi Monumen Pers Nasional
Indonesia Raya, Selasa, 16 Januari 1973, koleksi Perpustakaan Nasional RI
Kompas, Selasa, 16 Januari 1973 koleksi Monumen Pers Nasional